Cuando los musulmanes tomaron la ciudad visigoda, trasladaron el núcleo urbano a los cerros, al otro lado (sur) del río Henares, colocando éste como frontera natural ante los ataques cristianos provenientes del norte. El actual nombre de la ciudad proviene del término árabe al-qal'a Nahar, «El castillo» o fortaleza sobre el Henares, ya que al trasladar el núcleo urbano, los andalusíes construyeron anexo un recinto amurallado a las orillas del río Henares, del que hoy en día se conservan ruinas bastante degradadas.

El nombre fue evolucionando de al-qal'a hasta la actual Alcalá. El apelativo de Henares viene por el río que baña la ciudad, a cuyas orillas estuvo el recinto amurallado árabe, que al ir despoblándose pasó a conocerse como Alcalá la Vieja. La población se restableció en la orilla norte, donde había estado la ciudad visigoda.

La ciudad romana previa tuvo como nombre Complutum, cuya etimología exacta se desconoce, aunque existe la hipótesis de significar 'confluencia de aguas' en latín (confluvium) o 'campos ricos' en griego (Kompos Ploutos), existe también en el Bierzo la localidad de Compludo cuya etimología parece ser la misma: en el siglo VII adoptó el nombre de la ciudad complutense al construirse allí un monasterio dedicado a los Santos Niños. De la ciudad prerromana (atestiguada por la arqueología) se desconoce la denominación, si bien la leyenda habla de la Iplacea ibérica. Sin embargo, hace unos años se encontró en la ciudad una moneda con una inscripción en escritura celtibérica, Ikesankom Kombouto. Este último parece ser el nombre prerromano de la ciudad, por su parecido con Complutum.

También ha recibido los nombres de 'Alcalá del Burgo', 'Alcalá de Sant Yuste' y 'Alcalá de Santiuste', por la advocación de los Santos Niños, Justo y Pastor (Santiuste = San Justo), allí martirizados a principios del siglo IV.

Fuente: Wikipedia