Vertebra el término municipal el río Henares, que funciona como una clara frontera entre las dos unidades geográficas que confluyen en Alcalá: La Alcarria (al sur del Henares, es un páramo de superficie caliza pontiense surcado por cursos de agua que dan lugar a cárcavas y barrancos y relieves quebradizos. La altura del páramo alcarreño en Alcalá llega a los 875 msnm, siendo los cerros testigo Ecce Homo (836 m) y San Juan del Viso (790 m) los más característicos por sus formas tabulares) y la Campiña del Henares (al norte, es un relieve suave y llano con alturas en torno a los 630 metros en el municipio alcalaíno. La ciudad está a 590 msnm en Alicante.

El terreno de uso agrícola es en su mayoría cerealista. Una gran extensión forma parte de la ZEPA (Zona de Especial Protección para las Aves) de las estepas cerealistas de los ríos Jarama y Henares, extraordinario hábitat de avutardas, sisones, carracas, aguiluchos y otras esteparias; y zona de campeo de grandes rapaces, algunas en peligro de extinción. Al Henares tributan aguas dos ríos en el término municipal: Torote y Camarmilla, ambos de La Campiña. Aparte, otros arroyos de menor entidad desembocan en el Henares.

Fuente: Wikipedia